Investigación en Algoritmos Avanzados Aplicados

Dr. Arno Formella, Departamento de Informática de la Universidad de Vigo

Búsqueda aproximada de conjuntos de puntos en 2D y 3D

Se ha desarrollado un programa que, dados un conjunto de puntos como espacio de búsqueda (por ejemplo, una proteína grande) y un conjunto de puntos como patrón (por ejemplo, una zona activa conocida), encuentra todos los lugares (con sus respectivas transformaciones rígidas) donde se puede alinear el patrón en el espacia de forma aproximada (según algún criterio de distancia, como por ejemplo RMS). Además, el programa puede determinar la parte más grande del patrón que se puede alinear con cierta calidad.

Se visualiza los dos lugares donde se ha encontrado la zona con 34 átomos en la proteína 1IRU con 47562 átomos.
IRU zona vista global vista zoom
Se visualiza el lugar donde se ha encontrado la parte más grande de una zona (para el ejemplo la zona coincide con la de arriba, pero 6 átomos fueron movidos aleatoriamente).
Se visualiza los cinco mejores lugares donde se ha encontrado los cinco átomos C-alpha en la proteína.

Sin entrar en los detalles, el tiempo de cálculo está en el orden de segundos para todos los ejemplos mencionados.

Publicaciones:

A. Formella. Approximate Point Set Match for Partial Protein Structure Alignments. Proceedings of Bioinformatics: Knowledge Discovery in Biology (BKDB2005) , p. 53-57, Lisboa, June 2005.